Мы продали амортизируемое основное средство. У меня на балансе осталась сумма остаточной стоимость этого объекта. Мы, естественно, получили прибыль от этой сделки, довольно внушительную сумму. Мне её всю учитывать как доход к налогообложению, или же я могу как-то уменьшить этот доход?

Можете. Согласно ч. 1 п. 1 ст. 268 НК РФ. Вы можете уменьшить сумму дохода от реализации вашего амортизируемого основного средства на сумму его остаточной стоимости, которая у вас «висит» на балансе. После уменьшения получится сумма, которая и будет учитываться для целей налогообложения.